Jalapenos haben ein sehr dickes Fruchtfleisch und eignen sich nicht so gut zum trocknen an der Luft. Aus diesem Grund werden die Früchte geräuchert. Das Räuchern erfolgt oft mit dem Holz des Mesquitebaums, die das typische Aroma dieses Chilis erklären.
Chipotles werden vor allem in Schmorgerichten verwendet und erlangen ihr vollen Aroma erst nach längerem Kochen.